Thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước, các cơ quan chức năng đã cấp phép và tổ chức được trên 1.000 chuyến bay đưa hơn 200.000 người dân từ 62 quốc gia, vùng lãnh thổ về nước.
Việc tổ chức các chuyến bay cứu hộ này là thực hiện chủ trương nhân đạo, thể hiện sự quan tâm hàng đầu của Đảng và Chính phủ Việt Nam trong công tác bảo hộ công dân, mục đích cao nhất là bảo vệ an toàn tính mạng, sức khỏe cũng như tài sản cho người dân.
Chủ trương kịp thời này đã nhận được sự đánh giá cao của cộng đồng quốc tế và sự ủng hộ của đồng bào trong và ngoài nước, ghi dấu ấn ngoại giao của Việt Nam trên trường quốc tế, thể hiện tính nhân đạo của Đảng, Nhà nước.
Mặc dù trong hoàn cảnh diễn biến của đại dịch rất phức tạp, đòi hỏi tổ chức triển khai việc thực hiện “chuyến bay giải cứu” phải được tiến hành một cách công khai, minh bạch, trách nhiệm.
Theo kết luận điều tra, quá trình triển khai thực hiện đã có sự chồng chéo, không rõ ràng về thẩm quyền, từ đó một số cá nhân có thẩm quyền ở các bộ, ngành đã gây khó khăn, nhũng nhiễu, làm khó doanh nghiệp tổ chức chuyến bay, tạo cơ chế xin cho, buộc doanh nghiệp phải nâng vé máy bay và các chi phí phát sinh khác để chi phí “bôi trơn”, đưa hối lộ.
Nhiều cá nhân có thẩm quyền ở các bộ, ngành đã nhận hối lộ của các doanh nghiệp với tổng số tiền lên tới hơn 140 tỷ đồng.
Kết luận điều tra nêu, bà Nguyễn Thị Hương Lan, nguyên Cục trưởng Cục Lãnh sự (Bộ Ngoại giao) đã gây khó khăn cho doanh nghiệp, chỉ tiếp xúc, gặp gỡ những doanh nghiệp lớn, “thân cận” hoặc những doanh nghiệp có mối quan hệ với lãnh đạo các cấp.
Bà Hương Lan không tiếp xúc, gặp gỡ với doanh nghiệp nhỏ hoặc không thân quen, và đã nhận tổng cộng hơn 25 tỷ đồng của 8 đại diện doanh nghiệp.
Trong vụ “chuyến bay giải cứu”, kết luận điều tra đã chỉ ra sai phạm của các cá nhân ở một loạt bộ, ngành, địa phương như: Văn phòng Chính phủ, Bộ Ngoại giao, Bộ GTVT, Bộ Y tế, ở UBND TP Hà Nội và tỉnh Quảng Nam.
Cụ thể, tại Văn phòng Chính phủ (VPCP), ông Nguyễn Quang Linh (nguyên trợ lý Phó Thủ tướng Thường trực), Nguyễn Thanh Hải (nguyên Vụ trưởng Vụ Quan hệ quốc tế), bà Nguyễn Mai Anh (chuyên viên Vụ Quan hệ quốc tế), ông Nguyễn Tiến Thân (nguyên chuyên viên Vụ Quan hệ quốc tế) đã lợi dụng nhiệm vụ được giao, đề xuất thẳng lên lãnh đạo Chính phủ duyệt chủ trương cấp phép chuyến bay cho các doanh nghiệp, bỏ qua quy trình giám sát, đề xuất của Tổ công tác 5 Bộ trong việc thẩm định, đưa ra ý kiến đối với kế hoạch tổ chức các chuyến bay, qua đó nhận hối lộ của doanh nghiệp.
Tại Bộ Ngoại giao, với nhiệm vụ chính là bảo hộ công dân Việt Nam tại nước ngoài và quản lý danh sách công dân Việt Nam đăng ký nhu cầu về nước.
Nhưng khi các doanh nghiệp triển khai chuyến bay combo được cấp phép, một số cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài đã không kịp thời thực hiện hết và đúng trách nhiệm bảo hộ công dân mà còn thỏa thuận, yêu cầu doanh nghiệp chia lợi nhuận theo từng chuyến bay, hoặc chi tiền theo số công dân được về nước.
Trong khi đó, ở trong nước, các cá nhân có nhiệm vụ, quyền hạn ở Bộ Ngoại giao không chỉ nhận tiền hối lộ của các doanh nghiệp để chấp thuận cấp phép chuyến bay mà còn gây khó khăn cho doanh nghiệp chưa chi tiền hối lộ khi triển khai các chuyến bay, gây thiệt hại rất lớn cho doanh nghiệp và người dân.
Tại Bộ GTVT, một số cá nhân có thẩm quyền, vì vụ lợi đã làm trung gian môi giới hối lộ hoặc nhận hối lộ để cấp phép bay tăng số lượng công dân về nước theo phê duyệt của Tổ công tác 5 Bộ.
Bộ Y tế và Cục Quản lý Xuất nhập cảnh Bộ Công an, là đơn vị được giao nhiệm vụ tham gia việc kiểm soát tình hình dịch bệnh, nhưng khi giải quyết thủ tục cho công dân Việt Nam ở nước ngoài nhập cảnh về nước, một số cá nhân cũng đã lợi dụng vai trò, chức năng, nhiệm vụ được phân công đã cố ý tạo ra khó khăn, nhũng nhiễu để đòi hỏi, ép doanh nghiệp phải chi tiền mới chấp thuận giải quyết chuyến bay.
Đến khi công dân ở nước ngoài được trở về quê hương trong đại dịch, tại các địa phương, mà ở đây là Hà Nội và tỉnh Quảng Nam, CQĐT cũng làm rõ được sai phạm của các cá nhân khi họ lợi dụng chức vụ quyền hạn nhận tiền của đại diện các doanh nghiệp để phê duyệt chủ trương cách ly công dân về nước.