Theo cáo buộc của VKS Quân sự Trung ương, thời điểm xảy ra dịch Covid-19 vào năm 2021, dù Học Viện Quân y (HVQY) báo cáo Bộ Quốc phòng xin ngân sách Quốc phòng mua kit xét nghiệm Covid-19 của Công ty Việt Á để phòng chống dịch tại Bắc Giang, Bắc Ninh và TP HCM là hơn 24 tỷ đồng.
Nhưng trên thực tế, HVQY đã ký hợp đồng và thanh toán cho Công ty Việt Á hơn 41 tỷ đồng (cao hơn báo cáo Bộ Quốc phòng). Để thanh toán cho Công ty Việt Á số tiền cao hơn này, HVQY đã tạm ứng kinh phí từ nguồn các hoạt động có thu khác của HVQY.
CQĐT hình sự Bộ Quốc phòng xác định, giá kit trên các hợp đồng mua bán kit giữa HVQY với Công ty Việt Á là không đúng giá trị thực, gây thiệt hại cho HVQY hơn 27,7 tỷ đồng. Chủ tịch Việt Á Phan Quốc Việt đã chỉ đạo ông Vũ Đình Hiệp (Phó TGĐ Công ty Việt Á) chi hơn 7,1 tỷ đồng tiền "hoa hồng" cho các cá nhân thuộc HVQY.
Cụ thể, đã chi cho các ông Nguyễn Văn Hiệu (cựu đại tá, Trưởng phòng, Phòng Trang bị- Vật tư, HVQY) hơn 3,5 tỷ đồng; Ngô Anh Tuấn (cựu Thiếu tá, Trưởng phòng, Phòng Trang bị- Vật tư, HVQY): hơn 1 tỷ đồng và Hồ Anh Sơn (cựu Thượng tá Quân đội, cựu Phó Giám đốc Viện nghiên cứu y dược học quân sự, HVQY): hơn 2,4 tỷ đồng. Số tiền hơn 20 tỷ đồng còn lại, ông Phan Quốc Việt chỉ đạo chi vào các việc chung của công ty.
Cáo buộc cho rằng, việc ứng kit trước, sau đó làm hợp đồng để thanh toán của các bị can đã khiến cho các hoạt động đấu thầu mua kit của HVQY với Công ty Việt Á không tuân thủ các quy định của Luật Đấu thầu về mời thầu, lập hồ sơ mời thầu… Do vậy, đã không bảo đảm công bằng, minh bạch trong đấu thầu.
Theo cáo buộc, do động cơ vụ lợi cá nhân nên ông Phan Quốc Việt, Nguyễn Văn Hiệu, Ngô Anh Tuấn đã cùng Lê Tường Minh (cựu Thiếu tá, Trưởng ban, Ban Hóa dược, Phòng Trang bị- Vật tư, HVQY), Vũ Đình Hiệp (Phó TGĐ Việt Á) vi phạm những quy định nghiêm cấm của pháp luật về đấu thầu. Bên cạnh đó, là sự thiếu sâu sát trong công tác quản lý, kiểm soát việc đấu thầu mua kit của HVQY.
Vẫn theo cáo buộc, khoảng tháng 7/2020, do trên thị trường khan hiếm các vật tư y tế nên ông Phan Quốc Việt đã nói với ông Hồ Anh Sơn tìm mua các dụng cụ lấy dịch tỵ hầu (tăm bông và ống môi trường) cung cấp cho Công ty Việt Á để bán cho các đơn vị có nhu cầu.
Ông Việt hứa sẽ cho ông Sơn hưởng toàn bộ lợi nhuận từ việc Công ty Việt Á bán số vật tư y tế này. Sau đó, ông Việt giao cho Phó TGĐ Việt Á Vũ Đình Hiệp trực tiếp liên hệ với ông Sơn để tiếp nhận tăm bông và ống môi trường.
Ông Sơn đã nhờ Trung úy Nguyễn Văn Tâm, nhân viên cấp dưới đi tìm mua giúp các ống Falcon, tăm bông cứng và tăm bông mềm và hóa chất để pha dung dịch vào các ống Falcon.
Sau đó, ông Sơn nhờ cấp dưới và một số sinh viên thực tập tại Viện Nghiên cứu y dược học quân sự pha chế các dung dịch vào ống Falcon (lúc này gọi là ống môi trường, có tác dụng bảo quản mẫu bệnh phẩm chứa vi rút Sars- CoV-2).
Để hợp thức nguồn gốc cho các vật tư này tiêu thụ trên thị trường, ông Sơn đã trực tiếp in các tem có hình logo của Viện Nghiên cứu y dược học quân sự rồi nhờ người khác dán lên các ống môi trường. Việc này nhằm mục đích thể hiện là hàng của HVQY.
Sau khi hoàn tất mọi công đoạn, ông Sơn nhờ người xếp vào các thùng xốp rồi bàn giao cho các nhân viên của Công ty Việt Á. Tổng số các vật tư y tế mà ông Sơn đã cung cấp cho Công ty Việt Á trong khoảng thời gian từ 7/2020-3/2021 là 103.500 ống môi trường, 87.000 tăm bông cứng và 571.000 tăm bông mềm. Trong đó có 65.022 ống môi trường dán tem in hình logo Viện Nghiên cứu y dược học quân sự/HVQY và 35.130 bộ lấy mẫu.
Sau khi tiếp nhận số vật tư y tế trên, phía Việt Á đã ký hợp đồng bán và cho mượn hàng đối với các đơn vị, thu được hơn 3,6 tỷ đồng và đã chuyển số tiền trên cho ông Sơn. Cáo buộc cho rằng ông Sơn đã hưởng lợi trái phép hơn 2,1 tỷ đồng qua việc bán số vật tư y tế trên.