Liên quan đến vụ án, đại diện VKS đề nghị tuyên phạt bị cáo Nguyễn Đức Châu (cựu Đội trưởng Đội Cảnh sát hình sự): mức án 10 tháng, 27 ngày tù, bằng thời gian tạm giam, đề nghị trả tự do tại toà cho bị cáo;
Vũ Công Ngọc (cựu Đội phó Đội Cảnh sát hình sự) và Lê Đình Trung (cựu Đội phó Đội Cảnh sát thi hành án hình sự và hỗ trợ tư pháp): 8-10 tháng tù treo, thời gian thử thách 20 tháng.
Cả ba bị cáo trên đều bị truy tố tội Tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ, tạm giam, người đang chấp hành án phạt tù.
Ngoài án phạt tù, công tố viên còn đề nghị Tòa tuyên truy thu 110 triệu đồng mà bị cáo Lê đã nhận hối lộ để xung công quỹ Nhà nước, bởi đây là số tiền do phạm tội mà có.
Theo quan điểm luận tội của đại diện VKS, hành vi vi phạm của các bị cáo là nguy hiểm, xâm phạm tính vô tư, chính trực của hoạt động công vụ, gây trở ngại cho công tác điều tra của các cơ quan tố tụng.
Bản thân các bị cáo có nhiều năm công tác trong cơ quan bảo vệ pháp luật, hiểu rõ các quy định, trình tự thủ tục tố tụng theo quy định của pháp luật; các bị cáo hiểu rõ nguyên tắc giải quyết các vụ án phải đảm bảo tính vô tư, khách quan, đảm bảo các quy định pháp luật…
Lẽ ra các bị cáo phải làm gương, chấp hành nghiêm túc các quy định pháp luật, nhưng lại thực hiện hành vi vi phạm pháp luật.
Theo quan điểm của đại diện VKS, bị cáo Phùng Anh Lê đã vì lợi ích vật chất, lợi dụng chức vụ quyền hạn để chỉ đạo cấp dưới tha người trái pháp luật. Ba bị cáo còn lại mặc dù biết chỉ đạo của bị cáo Lê là vi phạm pháp luật nhưng vẫn cố tình thực hiện mà không báo cáo cấp trên và báo cáo VKS cùng cấp để kiểm tra, giám sát.
Hành vi phạm tội của các bị cáo làm mất đi tính vô tư, chính trực, hoạt động đúng đắn của cơ quan bảo vệ pháp luật, cần thiết áp dụng hình phạt tù nghiêm khắc mới đảm bảo tính giáo dục chung, lấy lại lòng tin trong nhân dân.
Cá thể hóa hình phạt các bị cáo, đại diện VKS cho rằng, cựu đại tá Phùng Anh Lê biết rõ đối tượng Nguyễn Hữu Tài bị tạm giữ ở Công an quận Tây Hồ để phục vụ việc điều tra, xác minh vụ việc, nhưng khi được người họ hàng là ông Phùng Văn Bảy nhờ, ông Lê đã lợi dụng chức vụ yêu cầu đưa tiền để hoà giải, nhưng thực chất đã chiếm hưởng.
Sau đó, bị cáo Phùng Anh Lê đã chỉ đạo cấp dưới tha người đang bị tạm giữ không có căn cứ, không theo trình tự, thủ tục, quy định của pháp luật.
Hành vi của bị cáo Lê đã phạm vào tội Nhận hối lộ, giữ vai trò chính, chủ mưu, có động cơ vụ lợi, cần xử phạt nghiêm khắc với mức án cao nhất trong số các bị cáo trong vụ án.
Bên cạnh đó, đại diện VKS cũng đề nghị Tòa xem xét đến các tình tiết giảm nhẹ cho bị cáo vì cựu đại tá Phùng Anh Lê đã trải qua nhiều vị trí công tác, quá trình làm việc được trao tặng nhiều Bằng khen, giấy khen, huân, huy chương, nhân thân chưa tiền án, tiền sự.
Đối với 3 bị cáo còn lại, đại diện VKS cho rằng, họ biết việc tha người bị tạm giữ là trái với quy định của pháp luật nhưng vẫn thực hiện mà không báo cáo với VKS cùng cấp để giải quyết.
Đại diện VKS cũng đề nghị HĐXX giảm nhẹ hình phạt cho các bị cáo này vì họ có các tình tiết giảm nhẹ như có thành tích trong công tác, nhân thân tốt.
Được quyền có ý kiến về quan điểm luận tội của đại diện VKS, bị cáo Châu cho rằng hành vi phạm tội của mình là do bị xô đẩy đến bước bất khả kháng. Bị cáo Trung thì cho rằng, bản án nghiêm khắc nhất mà bị cáo phải nhận là việc bị mất danh dự khi bị truy tố. Còn bị cáo Ngọc nhận thấy mình không có tội.
Riêng bị cáo Phùng Anh Lê giữ quan điểm không đồng tình với bản cáo trạng của VKSND Tối cao.