Sau khi rời ghế trường đại học, đồng chí Nguyễn Phú Trọng đã trải qua gần 29 năm làm việc, nghiên cứu, học tập tại Tạp chí Học tập (nay là Tạp chí Cộng sản), trải qua các vị trí công tác từ biên tập viên, Phó trưởng ban, Trưởng một ban biên tập, Phó Tổng Biên tập rồi Tổng Biên tập cơ quan lý luận chính trị của Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam.
Giữa năm 1996, đồng chí rời Tạp chí Cộng sản để nhận trách nhiệm công tác khác nặng nề hơn, đồng thời cũng tham gia làm Ủy viên Hội đồng Lý luận Trung ương ngay từ khóa đầu tiên 1996 - 2001.
Từ năm 2000 đến giữa năm 2006, đồng chí là Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành ủy Hà Nội, song với năng lực chuyên môn, kinh nghiệm công tác và uy tín trong giới nghiên cứu lý luận, đồng chí vẫn được Bộ Chính trị phân công làm Chủ tịch Hội đồng Lý luận Trung ương. Với trách nhiệm này, đồng chí là người chủ trì triển khai, tổ chức thực hiện việc tổng kết những vấn đề lý luận và thực tiễn của 20 năm thực hiện đường lối đổi mới của Đảng. Chính những kết quả của tổng kết thực tiễn, nghiên cứu lý luận trong niên khóa 2001 - 2006 đã góp phần xây dựng các cơ sở khoa học quan trọng, chuẩn bị cho một công việc quan trọng của Đảng là bổ sung phát triển Cương lĩnh chính trị của Đảng sau 20 năm thực hiện.
Tháng 6/2006, đồng chí Nguyễn Phú Trọng giữ chức Chủ tịch Quốc hội. Vừa thực thi trách nhiệm của người đứng đầu cơ quan lập pháp của Nhà nước với nhiều đổi mới trong tổ chức, điều hành các hoạt động của Quốc hội, đồng chí tiếp tục giữ vai trò người phụ trách công tác lý luận của Đảng.
Đặc biệt, đồng chí là người được Bộ Chính trị giao trách nhiệm làm Phó trưởng thường trực Tiểu ban Văn kiện, trực tiếp chỉ đạo toàn bộ việc nghiên cứu tổng kết thực tiễn, chuẩn bị nội dung cho báo cáo chính trị của Ban Chấp hành Trung ương trình Đại hội 11 của Đảng và bổ sung, phát triển Cương lĩnh xây dựng đất nước trong thời kỳ quá độ lên CNXH – xây dựng nên Cương lĩnh năm 2011.
Từ năm 2011 - 2016 (khóa XI), đồng chí Nguyễn Phú Trọng là Tổng Bí thư, đồng thời cũng là người thay mặt Bộ Chính trị trực tiếp phụ trách công tác lý luận của Đảng. Đồng chí yêu cầu 6 tháng một lần làm việc với thường trực Hội đồng Lý luận Trung ương và dù rất bận với công việc của người lãnh đạo cao nhất của Đảng, không bao giờ đồng chí lỗi hẹn hoặc thay đổi lịch làm việc.
Mỗi một lần làm việc là một lần đồng chí kiểm tra, đánh giá công tác nghiên cứu lý luận, tổng kết thực tiễn, nhắc nhở, động viên ban lãnh đạo Hội đồng Lý luận Trung ương trong công việc chuyên môn và gợi ý những vấn đề mới đặt ra mà Hội đồng Lý luận Trung ương cần tập trung nghiên cứu, tổng kết.
Tổng Bí thư yêu cầu: “Nghiên cứu lý luận là phải trên cơ sở nắm vững chủ nghĩa Mác - Lênin, tư tưởng Hồ Chí Minh mà đi sâu vào thực tiễn để phát hiện, phân tích, đánh giá, tổng kết những vấn đề mới phát sinh, tìm ra cái mới, dự báo được chiều hướng vận động, phát triển của các lĩnh vực đời sống. Làm được như thế mới thực sự đóng góp được cho công cuộc đổi mới, xây dựng, phát triển đất nước. Nếu chỉ ngồi sau bàn giấy hay sao chép lại những bài vở cũ thì làm sao tìm ra được cái mới, làm sao có lợi cho ai”.
Từ nhiệm kỳ Đại hội 12 của Đảng, do yêu cầu công việc chung, đồng chí Nguyễn Phú Trọng giao công việc phụ trách trực tiếp công tác lý luận của Đảng cho đồng chí Ủy viên Bộ Chính trị - Chủ tịch Hội đồng Lý luận Trung ương. Mặc dù không trực tiếp phụ trách nhưng đồng chí vẫn thường xuyên theo dõi các hoạt động nghiên cứu tổng kết lý luận, thường xuyên gặp gỡ, trao đổi với các đồng chí Thường trực Hội đồng Lý luận Trung ương, gợi ý những vấn đề mới cần quan tâm nghiên cứu, hoặc giao nhiệm vụ nghiên cứu, tìm ra lời giải về cơ sở khoa học, cơ sở thực tiễn.
Cả cuộc đời gắn bó với công tác lý luận của Đảng, đồng chí Nguyễn Phú Trọng cũng là người rất nghiêm túc, thận trọng và cầu thị đối với các vấn đề lý luận. Đồng chí thường nhắc nhở: “Cái gì nghiên cứu kỹ, thấy thật sự rõ rồi hãy đưa ra áp dụng vào thực tế, tổ chức thực hiện; nếu còn thấy chưa rõ, còn có nghi ngờ thì cần phải nghiên cứu tiếp cho rõ hãy làm!”.
Trong từng bài viết, bài nói có liên quan đến các vấn đề lý luận chính trị, đồng chí đều yêu cầu văn phòng đưa đi hỏi ý kiến các cơ quan, đơn vị khoa học, các chuyên gia, nhà nghiên cứu có liên quan. Có khi, đồng chí chỉ định trực tiếp người phải xin ý kiến góp ý. Khi nhận được ý kiến góp ý, đồng chí đều đọc rất kỹ, trực tiếp tiếp thu, sửa chữa vào bài viết.
Có lần, đồng chí còn phát hiện cả những ý kiến, nội dung đã trùng lặp với các tài liệu cũ. Đôi khi, đồng chí còn cho mời người góp ý đến để trao đổi, làm rõ vấn đề tại sao tiếp thu hay không tiếp thu.
Có lần khi trao đổi về ý kiến đề nghị đưa nội dung về “hệ thống chính trị” vào cùng với “xây dựng Đảng” thành một trụ cột chính sách là “xây dựng Đảng, hệ thống chính trị là then chốt”, đồng chí giải thích: “Ta phải hiểu rằng, nói xây dựng Đảng là then chốt xuất phát từ cái lý: Đảng lãnh đạo Nhà nước và xã hội, sự lãnh đạo của Đảng là nhân tố quyết định mọi thành công của cách mạng. Các đồng chí cán bộ, đảng viên nào không hiểu vấn đề này thì ta cần giải thích để cùng hiểu, cùng làm. Những người nghiên cứu lý luận mà không hiểu điều này thì rõ ràng là cách nghĩ hời hợt, là không thể chấp nhận được!”.
Có lẽ chính thái độ nghiêm túc, cầu thị, phương pháp làm việc bài bản, thận trọng, phương pháp tư duy sâu sắc, toàn diện, kết hợp với những trải nghiệm thực tiễn phong phú bằng nhiều con đường khác nhau đã giúp đồng chí Nguyễn Phú Trọng từ một người được đào tạo về ngữ văn trở thành một nhà lý luận xuất sắc của Đảng ta, có sự hiểu biết sâu sắc, phong phú về nhiều lĩnh vực của đời sống chính trị, xã hội của đất nước.
Di sản lý luận chính trị của đồng chí Nguyễn Phú Trọng rất to lớn. Đồng chí để lại hàng nghìn bài viết, gần 30 quyển sách. Nội dung các vấn đề trong di sản lý luận chính trị của đồng chí bao quát hầu hết các lĩnh vực đời sống chính trị, kinh tế, văn hóa, khoa học – công nghệ, giáo dục – đào tạo, xã hội, quốc phòng, an ninh, đối ngoại.
Đồng chí là người trực tiếp chỉ đạo, tổ chức thực hiện việc nghiên cứu, tổng kết, chuẩn bị nội dung cho Cương lĩnh 2011. Có thể nói, với Cương lĩnh 2011, Đảng ta đã có bước tiến rất xa trong nhận thức lý luận về đường lối đổi mới, trong đó, vấn đề trung tâm, cốt tử là nhận thức lý luận về mô hình CNXH mang đặc thù Việt Nam, mô hình riêng của Việt Nam.
Trong mô hình đó, nhiều vấn đề lý luận đã tạo cơ sở cho việc xác định đặc trưng của CNXH mà nhân dân ta xây dựng, có những bước chuyển rất quan trọng, thể hiện sự vận dụng, phát triển sáng tạo chủ nghĩa Mác – Lênin, tư tưởng Hồ Chí Minh của Đảng ta.
Đó là đặc trưng về kinh tế phản ánh những bước chuyển quan trọng: Từ kế hoạch hóa toàn bộ sang nền kinh tế gắn với thị trường; từ một thành phần sở hữu công cộng sang nhiều thành phần, đa sở hữu; từ quan hệ đơn tuyến theo ý thức hệ sang làm bạn, làm đối tác tin cậy với tất cả các nước trên thế giới; từ coi thành phần kinh tế tư nhân là đi ngược lại đường lối xây dựng CNXH sang coi kinh tế tư nhân là một động lực quan trọng phát triển kinh tế - xã hội của đất nước...
Hay đặc trưng về chính trị, trong đó chuyển từ chuyên chính vô sản sang hệ thống chính trị; từ Nhà nước đại diện cho lợi ích của một số giai cấp thành Nhà nước đại diện lợi ích cho toàn dân tộc; từ Nhà nước chuyên chính vô sản – Nhà nước XHCN sang nhà nước pháp quyền XHCN, thượng tôn pháp luật...
Hoặc đặc trưng về quốc phòng, an ninh, đối ngoại đã có những bước chuyển. Đó là chuyển sang quan hệ đa phương trên nguyên tắc hai bên cùng có lợi, bảo vệ tốt nhất lợi ích quốc gia, dân tộc; đó là chuyển sang nguyên tắc “4 không” - không tham gia liên minh quân sự, không liên kết với nước này để chống nước kia, không cho nước ngoài đặt căn cứ quân sự hoặc sử dụng lãnh thổ Việt Nam để chống lại nước khác, không sử dụng vũ lực hoặc đe dọa sử dụng vũ lực trong quan hệ quốc tế; đó là từ xác định đối tác, đối tượng quan hệ quốc tế theo các chủ thể cố định sang xác định đối tác, đối tượng trên cơ sở lợi ích quốc gia, dân tộc, không phân biệt theo chủ thể...
Chính những bước chuyển to lớn về nhận thức lý luận của Đảng là tiền đề cho việc đổi mới chủ trương, chính sách, tạo nên những thành tựu có ý nghĩa lịch sử trong đổi mới, giúp cho nước ta chưa bao giờ có được “cơ đồ, tiềm lực, vị thế và uy tín quốc tế như ngày nay”.
Là nhà lãnh đạo gánh vác những trọng trách đặc biệt quan trọng của Đảng và Nhà nước, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng cũng là nhà lý luận xuất sắc, gắn bó cả cuộc đời mình với công tác lý luận chính trị của Đảng. Những đóng góp về lý luận của đồng chí không chỉ có ý nghĩa như cơ sở khoa học phục vụ quá trình hoạch định đường lối đổi mới, mà còn trở thành di sản quý báu, có ý nghĩa lâu dài trong cả sự nghiệp xây dựng đất nước tiến lên CNXH của Đảng, Nhà nước và nhân dân ta.