Từ khi lên hội quân, Nguyên Mạnh được các bác sỹ đội tuyển thăm khám và cho thực hiện các bài tập hồi phục kết hợp trị liệu. Tuy nhiên, do chấn thương dai dẳng trở thành mãn tính nên thủ thành người Nghệ An cần nghỉ ngơi và tiếp tục tích cực điều trị thêm mới đảm bảo phong độ.
Ở đợt tập trung ngắn ngày hồi tháng 3, Nguyên Mạnh cũng được triệu tập vào danh sách tuyển Việt Nam, nhưng phải tập theo chế độ riêng dưới sự hướng dẫn của các bác sỹ. Sau đó, tranh thủ quãng nghỉ của V-League, thủ thành xứ Nghệ vào TP.HCM điều trị hồi phục tại một trung tâm hồi phục chấn thương chuyên nghiệp.
Khi bóng lăn trở lại, Nguyên Mạnh trở thành chốt chặn quan trọng trong đội hình của CLB Nam Định. Tuy vậy, do chưa được điều trị dứt điểm nên dù vẫn ra sân thi đấu, Nguyên Mạnh phải đối diện với những cơn đau kéo dài.
Sau khi các bác sỹ báo cáo về tình trạng của Nguyên Mạnh, HLV Philippe Troussier quyết định trả thủ môn người Nghệ Anh này về CLB tập trung điều trị.
Nguyên Mạnh là trường hợp thứ hai sau Hồng Duy phải rời đội tuyển vì chấn thương. Quân số hiện tại của đội còn lại 30 cầu thủ, trong đó có 3 thủ môn và chưa bao gồm 2 cầu thủ đang thi đấu ở nước ngoài là Công Phượng (về nước ngày 10/6) và Văn Toàn (về nước ngày 12/6).
Ngoài trường hợp của Nguyên Mạnh, tiền đạo Tiến Linh cũng đang chấn thương nhẹ nên chưa thể tập cùng tuyển Việt Nam.