Đến thời điểm hiện tại, liên quan tới dự án Hạc Thành Tower, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Thanh Hóa đã khởi tố vụ án, khởi tố 8 bị can, gồm: Nguyễn Bá Hùng, nguyên Bí thư Huyện ủy Như Xuân, nguyên Phó Giám đốc Sở Tài chính; Văn Xuân Hùng, nguyên Trưởng Phòng Quản lý công sản - giá, Sở Tài chính Thanh Hóa; Đinh Cẩm Vân, nguyên Giám đốc Sở Tài chính Thanh Hóa.
Đinh Xuân Hướng (SN 1970), Bí thư Huyện ủy Như Thanh, nguyên Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Sông Mã; Nguyễn Mạnh Sơn (SN 1958, ở phường Trường Thi, TP Thanh Hóa), nguyên Chủ tịch HĐQT Công ty TNHH MTV Sông Mã;
Nguyễn Đình Xứng, nguyên Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa; Cù Đình Hiền, nguyên Phó Chánh Văn phòng UBND tỉnh Thanh Hóa; Bùi Văn Nam, nguyên Phó Trưởng phòng Kinh tế tài chính thuộc Văn phòng UBND tỉnh Thanh Hóa.
Các bị can, bắt tạm giam về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí”.
Theo kết quả điều tra ban đầu, 2009, ông Chu Phạm Ngọc Hiển - khi đó là Phó Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa đã ký Quyết định số 3885/QĐ-UBND phê duyệt giá giao đất thu tiền sử dụng đất tại số 3 Phan Chu Trinh cho Công ty TNHH MTV Sông Mã (Công ty Sông Mã, có địa chỉ ở phường Ngọc Trạo, TP Thanh Hóa) để triển khai xây dựng tòa nhà hỗn hợp 15 tầng thuộc dự án Hạc Thành Tower.
Đầu năm 2012, việc bàn giao mặt bằng để thực hiện dự án vẫn chưa thực hiện. Lãnh đạo tỉnh Thanh Hóa đã chỉ đạo các sở, ngành liên quan khẩn trương triển khai các thủ tục giao đất cho chủ đầu tư là Công ty Sông Mã.
Ngày 16/8/2012, mặc dù chưa có quyết định giao đất nhưng ông Trịnh Văn Chiến - thời điểm đó là Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa đã có công văn đồng ý cho phép Công ty Sông Mã được chuyển nhượng quyền sử dụng đất đối với khu đất xây dựng tòa nhà hỗn hợp 15 tầng thuộc dự án Hạc Thành Tower cho Công ty TNHH Huy Hoàng (Chủ đầu tư cấp II).
Đến ngày 29/1/2013, tại Quyết định số 389/QĐ-UBND, UBND tỉnh Thanh Hóa mới giao khu đất có diện tích 2.958,7 m2 cho Công ty Sông Mã.
Ngày 23/12/2013, Ông Nguyễn Đình Xứng, thời điểm đó là Phó Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa đã kí Quyết định số 4562 phê duyệt tiền sử dụng đất nộp ngân sách Nhà nước của Công ty Sông Mã.
Sai phạm tại dự án này đã được Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Thanh Hóa chỉ rõ, dù đến năm 2013 dự án mới được giao đất nhưng giá đất vẫn áp theo năm 2009 là 21 triệu đồng/m2. Trong khi thực tế, tại thời điểm 2013, giá đất được đơn vị ngay cạnh giao dịch với ngân hàng là gần 60 triệu đồng/m2.
Theo tính toán của cơ quan chức năng, việc tạo điều kiện áp giá cũ gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước trên 56 tỉ đồng.