Ông Nguyễn Quý Khánh làm Giám đốc Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới Nghệ An (Trung tâm Đăng kiểm Nghệ An) từ ngày 1/6/2010 đến 1/6/2020 là đủ 2 nhiệm kỳ. Tuy nhiên, ngày 25/4/2020, Trung tâm Đăng kiểm Nghệ An có công văn gửi Sở GTVT về việc đề nghị bổ nhiệm lại chức vụ giám đốc đối với ông Nguyễn Quý Khánh. Sau đó, ông Khánh tiếp tục được bổ nhiệm lại cương vị giám đốc.
Trong tờ trình ngày 8/5/2020 gửi UBND tỉnh về việc bổ nhiệm lại cán bộ, Sở GTVT thông tin, trong suốt thời gian 10 năm của 2 nhiệm kỳ, ông Khánh giữ chức vụ Bí thư Chi bộ, Giám đốc Trung tâm Đăng kiểm Nghệ An, có nhiều đóng góp cho ngành giao thông vận tải.
Cụ thể, ông Khánh có nhiều sáng kiến, kinh nghiệm về chuyên môn, riêng năm 2019 có 3 sáng kiến được UBND tỉnh công nhận sáng kiến cấp tỉnh (Quyết định số 68/QĐ-UBND ngày 8/1/2020). Năm 2018, đề tài “nâng cao hiệu quả quản lý hoạt động đăng kiểm xe cơ giới” đã được UBND tỉnh chấp thuận là đề tài phục vụ cho sự phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh.
Ngoài ra, ông Khánh còn được Sở GTVT đánh giá, "luôn gương mẫu, chuẩn mực trong công tác, xây dựng tốt mối quan hệ nội bộ; điều hành quản lý đội ngũ cán bộ, viên chức trung tâm hoàn thành tốt công việc được giao. Nhiều năm liền được các cấp, các ngành ghi nhận, tặng nhiều bằng khen và cờ thi đua".
Cũng trong năm 2020, ông Khánh được đề nghị tặng danh hiệu chiến sỹ thi đua tỉnh Nghệ An và nhiều phần thưởng cao quý khác.
Với những thành tích trên, Sở GTVT tỉnh Nghệ An đã đề xuất UBND tỉnh cho phép Sở bổ nhiệm lại chức vụ Giám đốc Trung tâm Đăng kiểm đối với ông Nguyễn Quý Khánh.
Trong văn bản gửi Sở GTVT về việc bổ nhiệm lại ông Nguyễn Quý Khánh, ngày 22/5/2020, Sở Nội vụ tỉnh Nghệ An cũng đánh giá: “Ông Nguyễn Quý Khánh có năng lực, trình độ chuyên môn, nghiệp vụ, kinh nghiệm công tác và kết quả thực hiện nhiệm vụ trong thời gian qua có nhiều thành tích, sáng kiến nổi trội, xuất sắc. Mức độ tín nhiệm đề nghị bổ nhiệm lại ở mức cao…”.
Mới đây, ông Nguyễn Quý Khánh cùng 2 phó giám đốc và nhiều thuộc cấp bị cơ quan CSĐT Công an tỉnh Nghệ An bắt giữ để điều tra, làm rõ hành vi “Đưa hối lộ và nhận hối lộ”.