Một máy quay của NHK tại sân bay Haneda, nơi xảy ra vụ va chạm chết người, đã ghi được hình ảnh máy bay của Lực lượng Bảo vệ bờ biển từ đường lăn tiến vào đường băng. 

Hồ sơ liên lạc cho thấy, 2 phút trước khi hai máy bay va chạm một kiểm soát viên không lưu đã yêu cầu máy bay của Lực lượng Bảo vệ bờ biển di chuyển tới một vị trí chờ gần đường băng. Không có đoạn ghi âm nào về việc kiểm soát viên không lưu hướng dẫn máy bay này vào đường băng trước khi tai nạn xảy ra. 

Phi công về hưu Kobayashi Hiroyuki nhận xét, dù máy bay của Lực lượng Bảo vệ bờ biển Nhật Bản đang ở trên đường băng thì các phi công trên máy bay của Japan Airlines (JAL) cũng khó nhìn thấy máy bay nhỏ hơn vì nó không di chuyển. 

Các nguồn tin nắm được thông tin điều tra cho biết, cơ trưởng máy bay của Lực lượng Bảo vệ bờ biển nói ông đã khởi động động cơ sau khi nhận được lệnh cất cánh và rồi bị va chạm từ phía sau. Ngoài ra, cơ trưởng còn khẳng định đã được phép vào đường băng. 

Các quan chức của Lực lượng Bảo vệ bờ biển Nhật Bản cho hay, từ 4h chiều qua (4/1) họ đã bắt đầu dọn dẹp một số mảnh vỡ máy bay khỏi đường băng khi cảnh sát hoàn tất điều tra tại hiện trường. 

Vụ va chạm chết người xảy ra khi chiếc máy bay của Lực lượng Bảo vệ bờ biển Nhật Bản đang thực hiện chuyến bay khẩn cấp thứ 3 tới vùng động đất.