Ngoài ra, TP Hà Nội cũng đồng ý mở rộng tổ hợp ga Ngọc Hồi để tích hợp nhà ga, depot, trạm bảo dưỡng… của các tuyến đường sắt đô thị, đường sắt quốc gia, đường sắt tốc độ cao. Đây cũng là nơi di dời, tái định cư các cơ sở vật chất của ngành đường sắt trong khu vực nội đô.
Tuy nhiên, đối với phương án sử dụng chung hạ tầng với tuyến đường sắt đô thị số 1 (Yên Viên – Ngọc Hồi) để tổ chức vận tải vào ga Hà Nội, thành phố khẳng định chưa phù hợp định hướng Quy hoạch mạng lưới đường sắt đã được Thủ tướng phê duyệt.
Do đó, UBND TP Hà Nội đề nghị Bộ GTVT đẩy nhanh tiến độ nghiên cứu lập dự án tuyến đường sắt vành đai phía Đông, bàn giao quỹ đất, cơ sở vật chất tuyến đường xuyên tâm Yên Viên – Ngọc Hồi để địa phương đầu tư xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 1.
Ngoài ra, Hà Nội cũng đề xuất Bộ GTVT bố trí thêm một nhà ga đường sắt tốc độ cao tại khu vực đô thị vệ tinh Phú Xuyên, phía Nam Hà Nội vì trong tương lai nơi đây sẽ xây dựng sân bay thứ 2 Vùng thủ đô Hà Nội và xây dựng các khu đô thị vệ tinh, với 127.000 người dân sinh sống.
Liên quan đến tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc- Nam, đầu tháng 8 vừa qua, Bộ GTVT lấy ý kiến UBND TP Hà Nội về phương án hướng tuyến, vị trí và quy mô nhà ga, trạm bảo dưỡng của dự án đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam, đoạn đi qua Hà Nội.
Theo đó, hướng tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam đi qua địa phận Hà Nội có điểm đầu tại tổ hợp ga Ngọc Hồi; qua vành đai và đường sắt vành đai phía Tây; qua các huyện Thường Tín, Phú Xuyên về phía tây tuyến cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ.
Sau khi vượt qua tuyến nối cao tốc Tây Bắc với quốc lộ 5B, đường sắt tốc độ cao rẽ trái, vượt cao tốc Pháp Vân, đi về phía Đông, cùng hành lang tuyến cao tốc và sang địa phận tỉnh Hà Nam.