Trong vụ án này, ông Trần Hùng bị truy tố tội Nhận hối lộ. Các bị can khác bị truy tố các tội Sản xuất, buôn bán hàng giả; Sản xuất hàng giả; Buôn bán hàng giả; Môi giới hối lộ và Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Trước đó, vào 10h15 ngày 18/6/2021, tại kho hàng ở phố Giáp Nhị, Hà Nội, cơ quan điều tra Bộ Công an bắt quả tang Hoàng Mạnh Chiến (Giám đốc Công ty CP In và Văn hoá truyền thông Hà Nội) đang vận chuyển 9.750 quyển sách giáo khoa, với tổng giá trị theo giá bìa là hơn 380 triệu đồng. Trên các quyển sách đều dán tem hologram của Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam.
Chiến khai nhận, toàn bộ số sách trên đều là sách giáo khoa giả, do bị can và Hoàng Mạnh Hà (Phó Giám đốc Công ty Cổ phần in Hà Nội) tổ chức sản xuất để bán cho Cao Thị Minh Thuận (Giám đốc Công ty Phú Hưng Phát).
CQĐT đã thu giữ toàn bộ số sách trên, đồng thời khám xét khẩn cấp 54 địa điểm, kho hàng của các đối tượng, thu giữ hơn 3 triệu quyển sách giáo khoa các loại; thu giữ các loại bìa, ruột sách chưa đóng quyển và một số vật chứng, tài liệu khác.
Quá trình điều tra mở rộng vụ án, CQĐT còn làm rõ, trong năm 2020, Công ty Phú Hưng Phát bị Đội quản lý thị trường (QLTT) số 17, Cục QLTT Hà Nội kiểm tra, thu giữ số lượng lớn sách giáo khoa của Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam. Cao Thị Minh Thuận đã tác động đến một số cán bộ quản lý thị trường để xử lý hành chính đối với vụ việc.
Kết quả điều tra cho thấy, sáng ngày 8/7/2020, ông Trần Hùng tiếp nhận nguồn tin từ ông Nguyễn Đăng Quang (Trợ lý TGĐ Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam) đề nghị kiểm tra đột xuất tại kho sách của một tư nhân ở quận Hoàng Mai, Hà Nội vì cho rằng có thể có nhiều sách giả ở đây.
Ông Trần Hùng đã cùng ông Quang trực tiếp đi xác minh ban đầu, sau đó ông Hùng chỉ đạo Cục QLTT Hà Nội phối hợp xác minh, thẩm tra.
Kết quả kiểm tra phát hiện, thu giữ 27.360 quyển sách giáo khoa ghi “Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam” không có hoá đơn, chứng từ chứng minh nguồn gốc. Đội QLTT số 17 đã lập biên bản, tạm giữ số sách trên để tiếp tục xác minh, làm rõ.
Ngày 10/7/2020, ông Trần Hùng có văn bản chỉ đạo làm rõ thủ đoạn mua, bán sách giả của Cao Thị Minh Thuận. Chiều cùng ngày, Thuận nhắn tin, điện thoại cho ông Trần Hùng với mục đích nhờ giúp đỡ, chỉ đạo để xử lý nhẹ đối với vụ việc liên quan đến Công ty Phú Hưng Phát. Ông Trần Hùng đồng ý “tha” với yêu cầu bị can Thuận phải chỉ ra một số cơ sở in lậu.
Về phần mình, do lo sợ bị xử lý hình sự, Thuận bàn bạc, trao đổi với Nguyễn Mạnh Hà (Phó Giám đốc Công ty CP In Hà Nội) về việc đến gặp Nguyễn Duy Hải (người thường xuyên cung cấp các thông tin vi phạm của các cơ sở in sách cho ông Hùng) nhờ Hải nói ông Trần Hùng xin xử lý nhẹ đối với vụ việc.
Cáo buộc cho rằng, quá trình Đội QLTT số 17, Cục QLTT Hà Nội giải quyết vụ việc vi phạm xảy ra tại Công ty Phú Hưng Phát do Thuận làm giám đốc, lợi dụng chức vụ là Tổ trưởng Tổ công tác 304, Tổng cục QLTT, ông Trần Hùng đã nhận 300 triệu đồng của bị can Thuận thông qua Nguyễn Duy Hải.
Ông Trần Hùng đã tiếp nhận yêu cầu của Thuận, hướng dẫn bị can này thay đổi lời trình bày về nguồn gốc số sách thu giữ, làm sai lệch bản chất sự việc, đồng thời chỉ đạo việc tạo điều kiện cho Thuận theo hướng xử lý hành chính đối với vụ việc.