Theo CQĐT, nguyên nhân, điều kiện dẫn đến hành vi phạm tội của các bị can là do: Bộ KH&CN đã buông lỏng, thiếu kiểm tra giám sát trong việc thực hiện Đề tài nghiên cứu khoa học, đặc biệt là Đề tài nghiên cứu khoa học cấp quốc gia, trong nhiều khâu (Phê duyệt nhiệm vụ, phê duyệt tổ chức chủ trì, cá nhân chủ nhiệm, đơn vị phối hợp…)
Thuyết minh Đề tài nghiên cứu khoa học có nội dung không đầy đủ, không có thông tin về quyền, nghĩa vụ của Bộ KH&CN, Học viện Quân y, Công ty Việt Á; phương pháp phối hợp giữa Học viện Quân y và Công ty Việt Á; phương pháp chuyển giao kết quả nghiên cứu, quyền sở hữu trí tuệ.
Bộ Y tế đã thiếu kiểm tra, giám sát đối với công tác quản lý Nhà nước về sinh phẩm y tế, hiệp thương giá, kiểm tra giá hiệp thương; không quy định rõ nhiệm vụ, trách nhiệm của các cá nhân trong hiệp thương giá, thời hạn ban hành kết luận kiểm tra giá.
Do việc buông lỏng, thiếu kiểm tra giám sát tại Bộ KH&CN và Bộ Y tế nêu trên đã dẫn đến việc Chủ tịch Việt Á Phan Quốc Việt lợi dụng, thông đồng móc ngoặc với lãnh đạo, cán bộ Bộ KH&CN, Bộ Y tế để Công ty Việt Á được Bộ KH&CN phê duyệt tham gia nghiên cứu Đề tài, sử dụng kết quả nghiên cứu Đề tài, lập hồ sơ đăng ký, được Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu test xét nghiệm, biến test xét nghiệm từ sản phẩm nghiên cứu thuộc sở hữu Nhà nước do Bộ KH&CN quản lý thành tài sản thuộc sở hữu của Công ty Việt Á trái quy định…
Tại các đơn vị, địa phương để xảy ra sai phạm trong quá trình Công ty Việt Á tiêu thụ test xét nghiệm, vật tư, sinh phẩm y tế đã chưa kịp thời phân bổ dự toán ngân sách thực hiện. Bên cạnh đó, trình độ chuyên môn của đội ngũ cán bộ về đấu thầu, mua sắm thiết bị, vật tư, sinh phẩm y tế còn hạn chế, nhất là trong các trường hợp thiên tai, dịch bệnh, địch họa.
Kiến nghị của CQĐT
Kết thúc điều tra vụ Việt Á, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an kiến nghị Bộ KH&CN và Bộ Y tế cần nâng cao năng lực kiểm soát quyền lực của người đứng đầu, kiểm soát hoạt động của các cơ quan chuyên môn về quản lý nhiệm vụ khoa học và công nghệ, quản lý sinh phẩm y tế, đảm báo khách quan, minh bạch và đúng pháp luật.
Bộ KH&CN rà soát cơ cấu tổ chức và các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến lĩnh vực khoa học và công nghệ để chủ động hoặc báo cáo cấp có thẩm quyền điều chỉnh, sửa đổi cho thống nhất, đúng quy phạm pháp luật theo hướng có cơ quan chuyên trách quản lý nhiệm vụ khoa học và công nghệ.
Đồng thời, cũng cần tăng cường công tác kiểm tra, giám sát, kịp thời phát hiện, xử lý các hành vi sai phạm trong thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ;
CQĐT kiến nghị Bộ Y tế tăng cường công tác kiểm tra, giám sát, kịp thời phát hiện, xử lý các hành vi sai phạm trong công tác cấp số đăng ký lưu hành sinh phẩm y tế; phối hợp với Bộ Tài chính và các cơ quan, đơn vị liên quan có biện pháp quản lý giá đối với các vật tư y tế, sinh phẩm xét nghiệm.
Đối với Bộ KH&ĐT và các Bộ, ngành có liên quan, CQĐT kiến nghị việc chủ động hoặc báo cáo cấp có thẩm quyền hướng dẫn việc thực hiện chỉ định thầu rút gọn trong các trường hợp thiên tai, dịch bệnh, địch họa..., đặc biệt là đối với các gói thầu có giá trị lớn, chưa được phân bổ dự toán ngân sách thực hiện, việc hướng dẫn xác định giá trị hợp đồng, thương thảo hợp đồng.
UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương cần chủ động kiểm tra, rà soát, chấn chỉnh hoạt động của các đơn vị, cơ sở y tế công lập trong hoạt động đấu thầu, mua sắm thiết bị, vật tư y tế.
Cần đào tạo, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ về mua sắm, đấu thầu cho cán bộ các đơn vị, cơ sở y tế, phòng ngừa các vi phạm, tội phạm.
Kiến nghị Bộ Tài chính xem xét xử lý hành chính đối với Công ty thẩm định giá có sai phạm đã kết luận trong vụ án (đình chỉ kinh doanh, thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ thẩm định giá...)