Quy chế này quy định về tổ chức và hoạt động của trường trung học phổ thông chuyên bao gồm: Quy định chung; lớp học, tổ chuyên môn, tổ văn phòng; cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên và học sinh; tuyển sinh và tổ chức các hoạt động giáo dục.
Thông tư mới có hiệu lực thi hành từ ngày 15/4/2023, trong đó, yêu cầu không tổ chức lớp không chuyên trong trường chuyên.
Cụ thể, việc tuyển sinh các lớp không chuyên trong trường THPT chuyên theo quy định tại Thông tư số 06/2012/TT-BGDĐT ngày 15/2/2012 và Thông tư số 12/2014/TT-BGDĐT ngày 18/4/2014 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo sửa đổi, bổ sung Điều 23 và Điều 24 Quy chế tổ chức và hoạt động của trường trung học phổ thông chuyên ban hành kèm theo Thông tư số 06/2012/TT-BGDĐT sẽ được thực hiện hết năm học 2023 - 2024.
Các lớp không chuyên đã tuyển sinh và tổ chức trong trường THPT chuyên tiếp tục thực hiện theo quy định tại Thông tư số 06/2012/TT-BGDĐT và Thông tư số 12/2014/TT-BGDĐT cho đến khi học hết lớp 12.
Theo thông tư mới, lớp học trong trường chuyên được tổ chức theo môn học trong chương trình giáo dục phổ thông do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành, gồm Ngữ văn, Lịch sử, Địa lý, Ngoại ngữ, Toán, Tin học, Vật lý, Hóa học, Sinh học (gọi chung là lớp chuyên). Mỗi lớp chuyên có không quá 35 học sinh.
Trên cơ sở các điều kiện bảo đảm chất lượng giáo dục và đề nghị của hiệu trưởng trường chuyên, cơ quan quản lý trường chuyên quyết định số môn học được tổ chức lớp chuyên (sau đây gọi là môn chuyên) và số lớp chuyên đối với từng môn chuyên.