Theo Sở GTVT, đến nay tình hình thực hiện các công trình giao thông kết nối vùng theo quy hoạch còn chậm, chưa đồng bộ với quy mô dân số, vai trò đầu tàu phát triển kinh tế của TP.
Sở chỉ ra nhiều bất cập, tồn tại về hạ tầng giao thông như lộ giới Quốc lộ 1 và các đồ án quy hoạch phân khu dọc tuyến chưa thống nhất. TP có hệ thống sông, kênh rạch lớn nhưng chưa có quy hoạch tuyến đường ven sông, kênh rạch để tăng cường mạng lưới giao thông kết hợp chỉnh trang, phát triển đô thị.
Chưa xác lập phạm vi, phương thức các nút giao thông lớn để làm cơ sở quản lý quy hoạch đô thị đồng bộ, giải quyết các thủ tục về đất đai, cấp phép xây dựng và tháo gỡ các vướng mắc cho người dân trong khu vực bị ảnh hưởng bởi quy hoạch tại các nút giao trên địa bàn.
Cùng với đó, quy hoạch sử dụng đất dọc các tuyến Vành đai, cao tốc, nhà ga hành khách công cộng chưa được quy hoạch theo định hướng TOD (mô hình phát triển đô thị theo định hướng kết nối giao thông công cộng - PV) để phát huy giá trị đất, tạo nguồn lực đầu tư hạ tầng giao thông khu vực...
Trên cơ sở đó, Sở này đã tiến hành rà soát, cập nhật bổ sung loạt dự án giao thông vào Đồ án điều chỉnh Quy hoạch chung xây dựng TP.HCM đến năm 2040 và tầm nhìn năm 2060. Sở đề xuất các tuyến cao tốc, quốc lộ khu vực TP.HCM được điều chỉnh điểm bắt đầu từ Vành đai 3.
Kéo dài tuyến đường bộ cao tốc TP.HCM- Chơn Thành đến cửa khẩu Hoa Lư (Bình Phước). Bổ sung tuyến đường bộ cao tốc Gò Dầu - Xa Mát (Tây Ninh) nối từ cao tốc TP.HCM - Mộc Bài tại Gò Dầu đến Cửa khẩu Xa Mát, tỉnh Tây Ninh; tuyến đường bộ cao tốc kết nối phía Nam thành phố với các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long, tuyến TP.HCM (Nhà Bè) - Tiền Giang - Bến Tre - Trà Vinh - Sóc Trăng.
Song song đó, Sở GTVT kiến nghị bổ sung tuyến Quốc lộ 22B từ Quốc lộ 22 từ Gò Dầu đến cửa khẩu Chàng Riệc (thuộc Tây Ninh); Quốc lộ 138 từ Quốc lộ 14C, huyện Bù Đăng (Bình Phước) đến đường Vành đai 4, TP.HCM; Quốc lộ 22C từ đường Vành đai 3, TP.HCM đến Cửa khẩu Ka Tum (Tây Ninh);
Quốc lộ 50B từ đường Phạm Hùng, TP.HCM đến Ngã Ba Trung Lương (Tiền Giang); tuyến đường bộ ven biển phía Nam có phạm vi TP.HCM từ cầu Hiệp Phước - đường cao tốc liên vùng phía Nam đến tỉnh Tiền Giang.
Đối với hệ thống đường sắt, hiện chưa có quy hoạch phát triển đô thị theo mô hình TOD tại các ga đường sắt quốc gia và các ga đường sắt đô thị (ĐSĐT).
Như khu vực sân bay Tân Sơn Nhất chưa có kết nối giữa các tuyến MRT (metro) số 2, số 4, số 5. Tuyến MRT số 6 có chiều dài tuyến ngắn, số lượng ga ít sẽ khó đạt hiệu quả khai thác. Tuyến monorail số 3 cũng có chiều dài tuyến ngắn và trùng lặp với mục đích của tuyến MRT số 4. Ngoài ra, chưa quy hoạch hệ thống đường sắt chuyên dụng kết nối giữa các cảng hàng hóa và cảng container.
Sở GTVT đánh giá mạng lưới ĐSĐT cần nghiên cứu, bổ sung phù hợp với tình hình phát triển đô thị trong tương lai, khi khu đô thị tương tác cao phía đông phát triển và khi các huyện trở thành quận hoặc TP.
Ngoài ra, Sở cũng đề xuất kéo dài tuyến đường sắt TP.HCM - Tây Ninh đến cửa khẩu Mộc Bài để có thêm phương án kết nối liên vận quốc tế với đường sắt Campuchia. Bổ sung tuyến nhánh kết nối tuyến đường sắt TP.HCM - Cần Thơ;...