Cụ thể, CQĐT đã cho Chủ tịch Việt Á Phan Quốc Việt sắp xếp tiền, hộp sâm Ngọc Linh, khẩu trang, nước rửa tay vào vali, ba lô, cặp, túi; tư thế xách, mang túi tiền theo các lần mà ông Việt đưa tiền cho các bị can Nguyễn Huỳnh (cựu Phó trưởng Phòng Quản lý giá thuốc, Cục Quản lý dược Bộ Y tế, cựu Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế), Nguyễn Minh Tuấn (cựu Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị & Công trình y tế, Bộ Y tế) và Nguyễn Nam Liên (cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế).
CQĐT cũng tổ chức cho ông Vũ Đình Hiệp (Phó Tổng Giám đốc Công ty Việt Á) sắp xếp tiền vào vali, ba lô, cặp, túi; tư thế xách, mang túi tiền theo các lần ông Hiệp đưa tiền cho các bị can Nguyễn Huỳnh, Phan Quốc Việt.
Bị can Nguyễn Huỳnh được CQĐT cho thực nghiệm điều tra để xác định vị trí của mình và ông Phan Quốc Việt, vị trí để túi tiền khi ông Phan Quốc Việt đưa tiền cho ông Huỳnh; xác định vị trí ông Huỳnh cất tiền nhận từ ông Phan Quốc Việt ở phòng kho trên tầng 4 tại nhà của mình ở phố Văn Cao, Hà Nội.
CQĐT cho ông Nguyễn Huỳnh xác định vị trí của mình và ông Phan Quốc Việt, vị trí để túi tiền khi ông Việt đưa tiền cho ông Huỳnh; cách thức ông Huỳnh để túi tiền vào xe ô tô (tại Tòa nhà Lancaster, số 20 Núi Trúc, phường Giảng Võ, quận Ba Đình, TP. Hà Nội)…
CQĐT cũng tổ chức cho bị can Phan Quốc Việt xác định cách vào trụ sở, xác định đường đến phòng tiếp khách của ông Nguyễn Thanh Long (cựu Bộ trưởng Bộ Y tế); xác định cách vào trụ sở, xác định đường đến phòng làm việc của Nguyễn Nam Liên; xác định vị trí của ông Việt và Nguyễn Nam Liên, vị trí để túi tiền đưa cho ông Nguyễn Nam Liên tại trụ sở Bộ Y tế.
Ông Nguyễn Minh Tuấn cũng được thực nghiệm điều tra để xác định đặc điểm nhận dạng túi đựng tiền; thực hiện việc sắp xếp tiền vào túi đựng; mô tả vị trí của ông Tuấn và ông Việt; vị trí để túi tiền khi ông Nguyễn Minh Tuấn nhận tiền của Chủ tịch Việt Á.
Theo kết luận điều tra, bị can Phan Quốc Việt, Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng giám đốc Công ty Việt Á phạm tội "Đưa hối lộ", quy định tại Khoản 4, Điều 364 Bộ luật Hình sự, với số tiền đưa hối lộ hơn 106 tỷ đồng.
CQĐT xác định, có 6 bị can đã phạm tội "Nhận hối lộ" quy định tại Khoản 4, Điều 354 Bộ luật Hình sự, gồm: Ông Nguyễn Thanh Long, Bộ trưởng Bộ Y tế nhận hối lộ 2,25 triệu USD (tương đương hơn 51 tỷ đồng).
Bị can Phạm Duy Tuyến, Giám đốc CDC Hải Dương nhận hối lộ 27 tỷ đồng; Bị can Trịnh Thanh Hùng, Phó Vụ trưởng Vụ KH&CN các ngành kinh tế kỹ thuật, Bộ KH&CN nhận hối lộ 350.000 USD (tương đương hơn 7 tỷ đồng).
Bị can Nguyễn Minh Tuấn, nguyên Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị & Công trình y tế, Bộ Y tế nhận hối lộ 300.000 USD (tương đương hơn 6,9 tỷ đồng).
Bị can Nguyễn Huỳnh, Phó trưởng Phòng Quản lý giá thuốc, Cục Quản lý dược Bộ Y tế (nguyên Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế) nhận hối lộ hơn 53,9 tỷ đồng. Trong đó bị can đã chuyển cho ông Nguyễn Thanh Long hơn 49,9 tỷ đồng và sử dụng cá nhân 4 tỷ đồng.
Bị can Nguyễn Nam Liên, Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính (Bộ Y tế) nhận hối lộ 100.000 USD (tương đương hơn 2 tỷ đồng).