Theo Bộ Tài nguyên & Môi trường, hiện nay 16/17 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục Khí tượng thủy văn là đơn vị tự chủ về tài chính. Trong giai đoạn từ năm 2015 đến 31/12/2021, tổng cục đã thực hiện chính sách tinh giản biên chế đối với 310 người hưởng lương từ ngân sách nhà nước.
Ngay từ khi được thành lập, tổ chức bộ máy hành chính của Tổng cục Khí tượng thủy văn không có các cục để giảm tầng nấc trung gian, đảm bảo cho bộ máy hoạt động hiệu lực, hiệu quả; chức năng, nhiệm vụ của các đơn vị đã được phân công cụ thể, rõ ràng, không trùng lắp, chồng chéo.
Theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ, Tổng cục Khí tượng thủy văn có 22 đơn vị trực thuộc. Bộ trưởng Bộ Tài nguyên & Môi trường đã thành lập Ban Quản lý các dự án khí tượng thủy văn, là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc tổng cục.
Sau khi rà soát các tiêu chí, Bộ Tài nguyên & Môi trường đề nghị tiếp tục duy trì 6 đơn vị tham mưu giúp việc lãnh đạo Tổng cục Khí tượng thủy văn như quyết định của Thủ tướng, gồm: Văn phòng Tổng cục và 5 Vụ. Đồng thời đề xuất thực hiện đổi mới, bố trí sắp xếp nguồn nhân lực bên trong của các đơn vị theo đúng tiêu chí thành lập.
Đối với các đơn vị sự nghiệp công lập ở khối trung ương, đề xuất sáp nhập Đài Khí tượng cao không và Trung tâm Quan trắc Khí tượng thủy văn thành Trung tâm Mạng lưới Khí tượng thủy văn quốc gia do hai đơn vị này có nhiều tính tương đồng về chuyên môn và để tinh gọn đầu mối.
Tổ chức, sắp xếp lại Trung tâm Thông tin và Dữ liệu Khí tượng thủy văn và Tạp chí Khí tượng thủy văn thành một đơn vị trực thuộc Tổng cục, dự kiến lấy tên là Trung tâm Thông tin và Dữ liệu Khí tượng thủy văn. Trong đó, Tạp chí Khí tượng thủy văn sẽ là cơ quan ngôn luận của Tổng cục Khí tượng thủy văn.
Bộ TN&MT cũng đề xuất tiếp tục duy trì Ban Quản lý các dự án Khí tượng thủy văn là đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Tổng cục; đề nghị xem xét, bổ sung Ban Quản lý các dự án Khí tượng thủy văn vào quy hoạch mạng lưới các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ TN&MT đến năm 2030.
Chuyển Trung tâm Hải văn từ Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam về Tổng cục Khí tượng thủy văn và tổ chức, sắp xếp lại bảo đảm quy định.
Đối với đơn vị sự nghiệp công lập ở địa phương, Bộ TN&MT đề xuất sáp nhập Đài Khí tượng thủy văn khu vực Tây Bắc và Đài Khí tượng thủy văn khu vực Việt Bắc thành Đài Khí tượng thủy văn khu vực Miền núi phía Bắc; Sáp nhập Đài Khí tượng thủy văn khu vực đồng bằng Bắc Bộ và Đài Khí tượng thủy văn khu vực Đông Bắc thành Đài Khí tượng thủy văn khu vực Đồng bằng và Trung du Bắc Bộ.
Sau khi kiện toàn, sắp xếp lại sẽ giảm 4 đầu mối đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục, tương ứng giảm 14 lãnh đạo đơn vị trực thuộc; giảm khoảng 30 tổ chức cấp phòng và tương đương, tương ứng giảm khoảng 80 lãnh đạo cấp phòng và tương đương; giảm 30 biên chế viên chức làm công tác tham mưu tổng hợp, hỗ trợ phục vụ.